Cuestión más adelante en el juego uno puede tener más de 8 exploraciones "activas" (que dan objetos) cierto?
Si, en todo momento es posible tener más de 8 exploraciones activas. Las 8 internas son las que hacen aparecer los objetos "base".
Tiene importancia como los objetos base están agrupados en esas 8 exploraciones internas?
Es dificil de explicar, pero no para el usuario, si para el sistema interno.
Y lo que dijiste: "En el ejemplo que tu me das, "Afrontar la oscuridad" te penaliza quitándote la exploración "El grimorio de las Estrellas" pero te otorga "Armageddon" & una exploración interna". Eso era un ejemplo o es algo que realmente sucede? Si sí, que sería en concreto la "penalización"?
Es algo que realmente sucede, el juego te puede penalizar por completar exploraciones, haciendo que no te aparezcan familias de objetos para dar prioridad a otras exploraciones en curso.

